Das ist mir ehrlich gesagt neu.
Man muss es auch korrekt kennen: Die Config-Dateien des Apache (also in der Regel die httpd.conf) stellen ihn ein und dazu gehören auch neben unzähligen Parametern eben auch RewriteRules, das Modul mod_rewrite mit eingebunden mal vorausgesetzt...
In der so aufgebauten Konfiguration werden dann eben auch die Verarbeitungen von .htaccess und .htpasswd Dateien erlaubt oder verboten, die Userbezogen (also die User und/oder Prozesse/Programme auf dem Server!) den Webserver zusätzlich konfigurieren können, eben auch neben zahlreichen Möglichkeiten auch per Rewrite Rules.
Die .htaccess ist daher nur eine Ergänzung zur eigentlichen Konfiguration des Indianers und kann in den meisten Fällen weniger, die Konfig der Webservers aber mindestens das, was in den .htaccess-Dateien definiert ist, beinhalten, damit der Apache das verarbeitet
Nun aber zu Deiner Frage:
Mit <Directory ...> und auch <Files ...> sowie anderen Bezeichnern für bestimmte Objekte, auf die ein Webserver zugreifen kann, stellt man "nur" eine Bedingung, bzw, einen "Filter" dar, auf welche "Objekte" alle so eingeklammerten Anweisungen gelten sollen.
In Deinem Fall gelten alle Anweisungen als Alias für ein Directory, allerdings wird damit (mal unter uns gesprochen) der Alias eher auf dem falschen Wege erstellt, denn alias ist dem Apache als Befehl ebenfalls bekannt.
Nun kann man also auch innerhalb dieser "Objekt-Filter" alles an Befehlen angeben, die der Webserver für die Konfig-Datei (in dem Falle eine .htaccess oder die zentrale httpd.conf) verarbeiten kann, mit installiertem mod_rewrite also auch RewriteRules.
Einschalten allerdings nie vergessen, also "RewriteEngine On", sonst ignoriert der Apache die Befehle einfach